W 1935 roku w koscielie zainstalowano organ, zbudowany przez czesko-austriacką firme “Gebruder Rieger” z Krnowa w południowych Morawach. Organ ma 25 rejestrów, dwa manuale i padaly, traktyre pnaumatyczną. Prospect instrument drewniany, częściowo złocony, z trzech segmentowy z dwudzielną głównąsekcją, pokrytych gorną sekcją, wykonanej w stylu neobaroko.
W 1939 r. radzieckie władze zamknęli kościół. Podczas II wojny światowej został poważnie uszkodzony – zostali same ścianę. Jak dom został uszkodzony i organ. Po wojnie, i do w 1980 roku świątynia była magazynem spożywczym. W 1980 r. rozpoczęły się prace odnawiające. Odnowienie pomieszczenia dla potrzeb sali organów stało się sprawą całego miasta. Żyrandole, witraże, ławki, elementy dekoracyjne byli wykonywane rekami uczniów i pedagogów uczelni kulturalnej które mieściło się w byłym klasztorze, ławki i drewniane elementy zostały wykonane na Samborskiej fabryce meblowej, żyrandole, sufity – na przedsiębiorstwach Lwowskich.
Odnawianie organu dla Sali organowej zrealizowali majstry z Estonii, z małej miejscowości Rakwere, prowadzone przez Hardy Kriyzoyu. Kriyza – jedena z najbardziej znanych rodzin w Estonii która zajmuje się budową organów. Nowoczesny mistrz Hardo Kriyza jest synem słynnego majstra od organów Edwarda Kriyzy. W mieście na rekonstrukcje z budżety wydzielono 150.000 rubli. Ostatki starego organu zostali zdemontowane i przewiezione do Estonii.
07 sierpnia 1987 prace w sali zostały w większości zakończone, a 31 października odbył się pierwszy koncert organowy. Występowali Walerii Korosteliow i Witalij Piwnow. Mimo problemów, właściwości organy okazały się doskonałe. Zgodnie z pomiarami specjalistów właściwości Samborskiej Sali organowej są bardzo dobre: czas pogłosu w niektórych miejscach aż do 6,5 sekundy. Organ swoją mocą, całkowicie wypełnia przestrzeń dźwiękową. W roku 2004 organista Ludmila Laruk ze swoim uczniem podwyższyli ciśnienie w windalach, co poprawiło dźwięk organu, i dodali mu siłę i jaskrawości.